汉坦病毒主要引起肾综合征出血热和汉坦病毒肺综合征两类疾病。
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肾综合征出血热（又称流行性出血热）：由汉坦病毒属中的汉坦病毒、汉城病毒等引起，主要流行于欧洲和亚洲。临床表现为发热、出血倾向（如皮肤瘀点、鼻出血）、肾脏损害（蛋白尿、血尿、少尿等），严重时可导致急性肾衰竭。病程分为发热期、低血压休克期、少尿期、多尿期和恢复期。死亡率在低于1%至15%之间不等。
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汉坦病毒肺综合征（HPS）：主要由辛诺柏病毒等引起，常见于美洲地区。起病急，初期症状类似流感（发热、肌肉痛、头痛），随后迅速进展为急性呼吸窘迫综合征，表现为严重呼吸困难、低氧血症，甚至呼吸衰竭。该病病情凶险，病死率高达约38%。
两种疾病的共同传染源均为啮齿类动物（如黑线姬鼠、褐家鼠、鹿鼠等），人类主要通过吸入被鼠类排泄物污染形成的气溶胶、接触污染物或误食污染食物而感染。目前尚无特效抗病毒药物，治疗以对症支持为主，早期识别和干预至关重要。
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