《中华人民共和国传染病防治法实施办法》中对传染病菌进行了详细的描述：
第十六条 传染病的菌（毒）种分为下列三类：
一类：鼠疫耶尔森氏菌、霍乱弧菌；天花病毒、艾滋病病毒；
二类：布氏菌、炭疽菌、麻风杆菌、肝炎病毒、狂犬病毒、出血热病毒、登革热病毒；斑疹伤塞立克次体；
三类：脑膜炎双球菌、链球菌、淋病双球菌、结核杆菌、百日咳嗜血杆菌、白喉棒状杆菌、沙门氏菌、志贺氏菌、破伤风梭状杆菌；钩端螺旋体、梅毒螺旋体；乙型脑炎病毒、脊髓灰质炎病毒、流感病毒、流行性腮腺炎病毒、麻疹病毒、风疹病毒。
国务院卫生行政部门可以根据情况增加或者减少菌（毒）种的种类。